Il sito prescelto fu un altopiano naturalmente protetto a Nord dalla Rupe Atenea e dal Colle di Girgenti e a Sud dalla lunga Collina dei Templi, delimitato ai lati dai fiumi Akragas e Hypsas confluenti a Sud in un unico corso alla cui foce era l'antico porto (emporion).
Fin dall'inizio – sotto la tirannide di Falaride (570-554 a.C.) celebre per la sua crudeltà – la città articolata per terrazzi fu caratterizzata da un impianto urbanistico regolare. La Rupe Atenea era sede dell'acropoli con funzione sacra e difensiva; la Collina dei Templi ospitava i santuari monumentali; la zona centrale l'abitato e gli edifici pubblici, mentre i defunti venivano sepolti nelle necropoli fuori della città. Negli ultimi decenni del VI sec. a.C., Akragas fu circondata da una poderosa cinta muraria lunga 12 chilometri e dotata di nove porte. La colonia raggiunse fama e potenza sotto il tiranno Terone (488-471 a.C.), vincitore sui Cartaginesi a Himera nel 480 a.C. e, soprattutto, durante gli anni della democrazia (471-406 a.C.) instaurata dal filosofo akragantino Empedocle. In questo periodo fu costruita la straordinaria serie di templi di stile dorico della collina meridionale.
Un secondo conflitto contro i Cartaginesi segnò la fine di un'epoca di benessere e nel 406 a.C. Akragas fu distrutta. Successivamente la città visse una nuova fase di sviluppo con l'arrivo (tra il 338 e il 334 a.C.) di coloni greci guidati dal condottiero Timoleonte, ma non raggiunse più la potenza di un tempo e il suo destino fu legato all'esito della lotta tra Roma e Cartagine per il possesso del Mediterraneo. Durante le guerre puniche Akragas fu base dei Cartaginesi contro i Romani che nel 210 a.C. la conquistarono e ne mutarono il nome in Agrigentum. Sotto la dominazione romana la città visse una ulteriore fase di prosperità legata anche al commercio dello zolfo (II-IV sec. d.C.). In epoca cristiana sulla Collina dei Templi sorsero chiese e cimiteri.
Quando nell'829 la città fu conquistata dagli Arabi i quartieri abitativi si erano già arroccati sul Colle di Girgenti, cosiddetto dal nome medievale della città (dall'arabo Gergent o Kerkent), dove si estende l'odierno abitato di Agrigento.
